Plusieurs dolmens indiquent que la commune fut habitée dès la préhistoire. Au Moyen Âge, Lalbenque dépendait de l’abbaye de Marcilhac et était un village castral.
En 1196, la Maison des Templiers fut fondée à Cahors sur l’emplacement qui est devenu ensuite la Chartreuse. Les puissants seigneurs de Vayrols, admirateurs des beaux faits d’armes des Templiers, firent don à leur Ordre (1194 ou 1196) de plusieurs maisons qu’ils possédaient à Cahors dans une petite rue portant le nom de rue de Vayrols. Les seigneurs de Vayrols étaient très puissants et leur fief comprenait à cette époque outre Vayrols, les terres de Flaujac, de Hautesserre et de Lalbenque. Les Vayrols étaient donc les seigneurs de Lalbenque. Les chevaliers du temple ont accordé aux Vayrols le droit de sépulture dont il existe encore des pierres sépulcrales.
En 1230, Arnaud de Vayrols seigneur de Lalbenque était l’un des douze consuls de la ville de Cahors. En 1286, Gaucelin de Vayrols était le premier consul de Cahors.
Durant la guerre de Cent Ans, Lalbenque fut une des places importantes du Quercy, occupée par les Anglais entre 1358 et 1359.
À la fin du XVe siècle le seigneur de Lalbenque était Raymond de Gontaut également seigneur de Cabrerets. La famille de La Valette-Parisot s’est ensuite imposée dans le bourg.
À l’époque de la Révolution, la commune de Lalbenque fut formée avec des territoires situés sur six paroisses dont les plus importantes étaient Saint-Quirin, Saint-Hilaire et Paillas. En 1789, Lavalette-Parisot, seigneur de Lalbenque et de Parisot fut élu député aux États généraux par l’assemblée de Cahors et mourut à Paris le 26 février 1790.
En 1793 tous les châteaux de la région de Lalbenque furent pillés et celui de Lalbenque fut par la suite vendu en plusieurs lots comme bien national. Ce dernier se trouvait à la place de l’actuelle salle des fêtes municipale.
Au XIXe siècle, avec l’essor des campagnes, Lalbenque devient un bourg rural prépondérant au sud du Lot. La commune acquiert sa notoriété au XXe siècle avec le développement de la culture de la truffe, qui fera de Lalbenque la capitale de la truffe noire.